Instytut Historii i Archiwistyki UMK współpracuje z wieloma instytucjami i towarzystwami, między innymi z:
Archiwum Akt Dawnych Diecezji Toruńskiej
Centrum Badań Antropologii Historii. Stacja Badawcza PTH
Centrum Szkolenia Artylerii i Uzbrojenia w Toruniu
Europejski Instytut Historii i Kultur Jedzenia (IEHCA)
Fundacja Generał Elżbiety Zawackiej
Instytut Kultury Polskiej w Nowym Jorku
Instytut Kultury Polskiej w Londynie
Książnica Kopernikańska w Toruniu
Kujawsko-Pomorskie Centrum Kształcenia Nauczycieli w Toruniu
Laboratorium Cyfrowe Humanistyki Uniwersytetu Warszawskiego
Muzeum im. dr. Władysława Łęgi w Grudziądzu
Muzeum Marynarki Wojennej w Gdyni
Muzeum Pałacu Króla Jana III w Wilanowie
Muzeum Wojsk Lądowych w Bydgoszczy
Polskie Towarzystwo Badań nad Wiekiem Osiemnastym
Polskie Towarzystwo Historyczne
Polskie Towarzystwo Ludoznawcze
Stowarzyszenie Archiwistów Kościelnych
Stowarzyszenie Archiwistów Polskich
Towarzystwo Miłośników Torunia
Towarzystwo Przyjaciół Dolnej Wisły
Zespół Parków Krajobrazowych Chełmińskiego i Nadwiślańskiego
Zespół Szkół Ponadgimnazjalnych w Chełmży
Niektóre z tych instytucji znalazły się wśród tzw. interesariuszy naszego Instytutu – swoimi doświadczeniami pomagają nam w jak najefektywniejszym kształceniu na kierunkach studiów realizowanych przez IHiA UMK.